Dini rəvayətə görə, Harun-Ər-Rəşid dövründə (786-809) onunla səkkizinci imam Əli İbn Musa-Ər Rzanın arasında ixtilaf baş verir. Xəlifə imamı və ailəsini təqib etdiyindən imam ailəsi, qohumları və tərəfdarları ilə birlikdə Bağdadı tərk etməli olur. Yolda müəyyən səbəblər üzündən qohumlar bir-birindən ayrı düşürlər. İmam Rza İranın Xorasan şəhəri yaxınlığmda olan Sənəbad kəndinə gəlir. İmamın bacısı Hökümə qulluqçusu Heybət və bir neçə nəfərlə birlikdə Bakının yaxınlığma gəlib çıxırlar. Orada məskən salırlar. Hökumə xanım vəfat etdikdən sonra onun məzarı üzərində türbə tikilmişdir (IX yüzillik). Müsəlman qanunlarına görə qadını adı ilə çağırmazdılar, (bu adət indi də qalmaqdadır: bibi, dayıdostu, əmidostu. əmicanı, dayıcanı və s.). Heybət də öz xanımına «bibi» deyə müraciət edərdi. Ona görə də türbəni «Bibiheybət», yəni Heybətin bibisi adlandırmışlar. Türbə müqəddəs hesab olunmuş, səyyahlar, zəvvar, möminlər həmişə türbəni ziyarət etmişlər. Bəziləri isə orada məskən salmışlar, sonralar burada bir kənd yaranmışdır (Şeyxlər-Şıxlar-Şıxov).

Dindarların ibadəti üçün türbəyə bitişik böyük bir məscid tikilmişdir. Həmin məscidi Hulaki xanı Qazanxan Mahmudun (1205-1304) əmri ilə Şirvan hökmdarı Fərruxzad bin Əxişxan (Axistan) tikdirmişdir. Məscidin memarı Mahmud İbn Səd olmuşdur. Türbənin adı ilə əlaqədar olaraq məscid də Bibiheybət adlandırılmışdır. (Məscidin 1267—1300-cü illərdə tikildiyi ehtimal olunur.)

Bakı varlılarından olan Yusifağa Dadaşov 1900-cu ildə məsciddə bərpa işləri apartdırmış, həm də əlavə olaraq yeni bir məscid tikdirmişdir. Məscidin tikintisində xalq memarlığına məxsus olan ornamentlərdən, formalardan istifadə olunmuşdur. Bibiheybət məscidi və türbəsi Azərbaycana gələn səyyahlarm diqqət-mərkəzində olmuşdur. Oranı ziyarət edənlər öz səyahətnamələrində, xatirələrində bu ziyarətgahı təsvir etmişlər. Bəzi səyyahlar öz əsərlərində təhriflərə yol vermişdir. Fransız səyyahı Aleksandr Dyuma 1858-ci ildə Bakıda olarkən ora getmişdir. Lakin «Qafqaz səfəri» kitabında təhrifə yol verərək məscidin çox kasıb olduğunu göstərməklə bərabər, türbənin Məhəmməd peyğəmbərin qızı Fatiməyə məxsus olduğunu qeyd etmişdir. 1877—1878-ci illərdə Azərbaycana səfər edən Karla Serena (Avropadan ilk səyyah qadın) Bibiheybət məscidində olmuş, onun kimə məxsus olduğunu düzgün göstərmiş, həm də məscidə çoxlu nəzir gətirildiyini, çoxlu kolleksiya toplandığını qeyd etmişdir...

Bibiheybət məscidi öz tarixiliyinə, gözəlliyinə görə nadir tikili olmuşdur. Çox təəssüflər olsun ki, 30-cu illərdə Azərbaycanda irticanın tüğyan etdiyi zaman, bir çox nadir, tarixi, maddi-mədəniyyət abidələri dağıdılarkən 1936-cı ildə Bibiheybət məscidi də dağıdılmışdır. Bununla Azərbaycan xalqının memarlıq tarixinin bir səhifəsi də unudulmuşdur.

Azərbaycanın görkəmli dövlət xadimi, diplomat, mahir sərkərdə, həyatının otuz bir ilini Azərbaycanın birləşdirilməsi uğrunda mübarizəyə həsr edən Quba xanı Fətəli xanm qəbri də Bibiheybət məscidinin həyətində olmuşdur. Çox qiymətli mərmərdən (Misirdən gətirilmiş) düzəldilmiş başdaşı sındırılmış, qəbir isə dağıdılmışdır. Başdaşı müdrik bir ağsaqqal tərəfindən gizlincə aparılıb, gizlədilmişdir. Sonralar arxeoloq və etnoqraf alim İshaq Cəfərzadə soraqlaşaraq başdaşını tapınış, bu qiymətli eksponatı Azərbaycan Tarixi muzeyinə təqdim etmişdir.

Bibiheybət məscidi Azərbaycan rəssamı Əlibəy Hüseynzadə tərəfindən fırçaya alınıb, ağ kətana köçürülmüşdür. Sonralar həmin əsər Hacı Zeynalabdin Tağıyev tərəfindən satın alınaraq Azərbaycan mədəniyyət tarixini daha da zənginləşdirmişdir.

Bibiheybət məscidi ulu ödərimiz, mərhum Prezidentimiz Heydər Əliyevin bir neçə il öncə verdiyi sərəncama əsasən yenidən tikilmiş və xalqımızın ziyarətgahına çevrilmişdir. Məscidə 2 minarə ucaldılmışdır. Minarələrdən birisi ulu öndərimizin adını daşıyır: «Heydər minarəsi».

Məscidə gələn zəvvarlann sayı get-gedə çoxalmaqdadır. Bibiheybət məscidi yenidən tikilməklə həyata yeni vəsiqə almışdır. Buna görə də xalqımız ulu öndərimizin ruhuna daima dualar edir, minnətdarlıqlarını bildirirlər.