Orta əsr karvan ticarət yolu üzərində yerləşən məscid XVII əsrin əvvəllərində inşa edilmişdir. Planda kvadrat formalı olub mərkəzi günbəzlidir. Cənub divarında stalaktit yaruslu mehrabı var.

Dövrün görkəmli şəxsiyyətlərindən biri olmuş Seyid Yahya Murtuza bu məscidi öz şəxsi vəsaiti hesabına tikdirmişdir. O, dini ruhani xadim kimi, məsciddə axund olaraq fəaliyyət göstərmişdir. Vəsiyyətinə görə dünyasını dəyişdikdən sonra məscidin həyətində dəfn edilib. Hal-hazırda qəbri məscidin giriş qapısının yanında yerləşir.

Məscid Azərbaycan SSR dövründə dülgər emalatxanası kimi fəaliyyət göstərmişdir.

1990-cı illərdən sonra İçərişəhər Cümə məscidinin tabeçliyinə verilən məsciddə hal-hazırda Həzrəti Məhəmməd məscidi dini icması fəaliyyət göstərir.