Началом создания Института явилась орга-низованная в мае 1952 г. Лаборатория электро-моделирования при Нефтяной экспедиции АН АзССР. В 1956 г. В связи с реорганизацией Нефтяной экспедиции Лаборатория электромоделирования была включена в состав Института физики и математики АН, а с 1958 г. – переведена в состав Института математики и механики и переименована в Вычислительный центр (ВЦ). В конце 50-х годов появление в Республике универсальных цифровых вычислительных машин положило начало исследованиям по численным методам и программированию. В 1960 г. ВЦ был выделен в самостоятельную организацию в системе АН Республики. В том же году в составе ВЦ была создана лаборатория ЭВМ (вторая после Украины среди бывших союзных республик), которая, в свою очередь, сыграла решающую роль в развитии кибернетики, информатики и других точных наук. В 1965 г. ВЦ был реорганизован в Институт кибернетики (ИК). На базе созданного в 1971 г. в составе Института «Отделa Автоматизированных Систем Управления», в 2002 г. был организован Институт Информационных Технологий. В 1978 г. при ИК было создано ныне действующее хозрасчетное Специальное Конструк-торское Бюро «Кибернетика». В 2014-ом году решением Кабинета Министров название Института Кибернетики было изменено на "Институт Систем Управления".Со времен создания до 1965-го года институтом руководил д.т.н., профессор Саид Амираслан оглы Алескеров, 1965-1970-х годах – академик Ашраф Аскендер оглы Гусейнов, 1970-1988-х годах – академик Джалал Эйваз оглы Аллахвердиев. С 1988-го года директором института является академик, доктор технических наук, профессор, обладатель ордена «Славы», заслуженный деятель науки Тельман Аббас оглы Алиев.